Hủy tờ khai hải quan: Quy định, hồ sơ và thủ tục mới nhất 2026

Trong nghiệp vụ logistics, sai sót về mã loại hình hay thay đổi kế hoạch xuất nhập khẩu là điều khó tránh khỏi. Khi tờ khai không thể sửa đổi, hủy tờ khai hải quan là giải pháp duy nhất để doanh nghiệp 'làm sạch' dữ liệu và đăng ký lại đúng quy định. Bài viết này, PCS Logistics sẽ tóm gọn các trường hợp bắt buộc phải hủy, quy trình thực hiện và cách xử lý thuế nộp thừa sau khi hủy tờ khai mới nhất năm 2026.

1. Huỷ tờ khai hải quan là gì?

Huỷ tờ khai hải quan là việc cơ quan hải quan xác nhận chấm dứt hiệu lực pháp lý của một tờ khai đã được đăng ký trên hệ thống hải quan điện tử, trong trường hợp tờ khai đó không còn giá trị để tiếp tục làm thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật.

Sau khi được hủy, tờ khai:

• Không còn giá trị sử dụng cho việc thông quan.

• Không được dùng làm căn cứ tính thuế.

• Không còn hiệu lực phục vụ giám sát hàng hóa và các nghĩa vụ pháp lý liên quan.

Doanh nghiệp chỉ có thể tiếp tục làm thủ tục hải quan khi đăng ký một tờ khai mới với thông tin phù hợp.

Huỷ tờ khai hải quan cần được phân biệt rõ với việc sửa đổi, bổ sung tờ khai. Việc sửa đổi, bổ sung chỉ áp dụng khi sai sót nằm trong phạm vi cho phép điều chỉnh, huỷ tờ khai được áp dụng khi không thể khắc phục bằng hình thức sửa đổi.

Căn cứ pháp lý về việc huỷ tờ khai hải quan được quy định tại Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 11 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Huỷ tờ khai hải quan là việc cơ quan hải quan xác nhận chấm dứt hiệu lực pháp lý của một tờ khai

2. Các trường hợp huỷ tờ khai hải quan theo quy định pháp luật

Theo quy định của pháp luật hải quan, tờ khai hải quan chỉ được hủy trong những trường hợp cụ thể. Việc hủy tờ khai không thực hiện tùy tiện mà phải căn cứ vào tình trạng thực tế của hàng hóa, hồ sơ và quá trình làm thủ tục tại thời điểm phát sinh.

2.1. Tờ khai hải quan không còn giá trị làm thủ tục hải quan

Tờ khai được xác định là không còn giá trị khi quá 15 ngày kể từ ngày đăng ký mà không đáp ứng điều kiện tiếp tục làm thủ tục, bao gồm các trường hợp:

• Hàng nhập khẩu chưa đến cửa khẩu nhập.

• Hàng xuất khẩu chưa được đưa vào khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu xuất.

• Hàng thuộc diện phải kiểm tra hồ sơ nhưng người khai chưa xuất trình hồ sơ hải quan.

• Hàng thuộc diện phải kiểm tra thực tế nhưng chưa xuất trình hàng hóa để kiểm tra.

Trong các trường hợp này, tờ khai không còn đủ điều kiện để tiếp tục làm thủ tục và sẽ được cơ quan hải quan thực hiện hủy theo quy định.

2.2. Phát sinh vướng mắc về điều kiện pháp lý hoặc hệ thống

Tờ khai hải quan cũng có thể thuộc diện huỷ trong một số trường hợp đặc thù phát sinh trong quá trình làm thủ tục, bao gồm:

• Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, tờ khai điện tử đã đăng ký nhưng chưa thông quan, trong khi tờ khai giấy thay thế đã được sử dụng để thông quan, giải phóng hàng hoặc đưa hàng về bảo quản

• Hàng hóa không đáp ứng yêu cầu quản lý hoặc kiểm tra chuyên ngành và bị áp dụng biện pháp xử lý như buộc tái xuất hoặc tiêu hủy

2.3. Theo đề nghị của người khai hải quan

Người khai hải quan được phép chủ động đề nghị hủy tờ khai trong các trường hợp phát sinh từ thực tiễn giao dịch và nghiệp vụ, khi tờ khai không còn phản ánh đúng bản chất hoạt động xuất nhập khẩu, bao gồm:

• Tờ khai xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục, hàng đã đưa vào khu vực giám sát nhưng doanh nghiệp đề nghị đưa hàng trở lại nội địa để sửa chữa hoặc tái chế

• Tờ khai xuất khẩu tại chỗ đã thông quan hoặc giải phóng hàng nhưng giao dịch xuất nhập khẩu bị hủy

• Tờ khai đã thông quan nhưng thực tế hàng hóa không xuất khẩu

• Khai sai các chỉ tiêu thông tin không thuộc phạm vi được sửa đổi, bổ sung theo quy định

2.4. Thông tin khai sai bắt buộc phải huỷ tờ khai hải quan

Các chỉ tiêu thông tin khai sai phải huỷ tờ khai được xác định khác nhau đối với tờ khai nhập khẩu và tờ khai xuất khẩu, cụ thể như sau:

Đối với tờ khai nhập khẩu:

• Mã loại hình

• Mã phân loại hàng hoá

• Mã hiệu phương thức vận chuyển (trừ trường hợp được phép điều chỉnh theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 82 Thông tư 39/2018/TT-BTC)

• Cơ quan Hải quan

• Mã người nhập khẩu

• Mã đại lý hải quan

Đối với tờ khai xuất khẩu:

• Mã loại hình

• Mã phân loại hàng hoá

• Mã hiệu phương thức vận chuyển

• Cơ quan Hải quan

• Mã người xuất khẩu

• Mã đại lý hải quan

Các trường hợp huỷ tờ khai hải quan theo quy định pháp luật

2.5. Tờ khai đã giải phóng hàng (BP), các chỉ tiêu không được khai bổ sung.

Đối với tờ khai đã được giải phóng hàng (BP), pháp luật hải quan giới hạn rất chặt chẽ phạm vi các chỉ tiêu được phép khai bổ sung. Trường hợp người khai hải quan khai sai các chỉ tiêu dưới đây, việc khai bổ sung không được chấp nhận và tờ khai bắt buộc phải huỷ.

Các chỉ tiêu không được khai bổ sung sau khi giải phóng hàng bao gồm:

Trong các trường hợp này, người khai phải lập hồ sơ đề nghị hủy và nêu rõ lý do để cơ quan hải quan xem xét, quyết định.

Trong thực tế, việc xác định nên sửa đổi hay cần huỷ tờ khai phụ thuộc rất lớn vào thời điểm phát hiện sai sót, tình trạng giám sát của hàng hoá và nhóm chỉ tiêu bị sai.  Để hạn chế tối đa các lỗi khai sai dẫn đến việc phải hủy tờ khai, doanh nghiệp nên sử dụng các dịch vụ gửi hàng đi quốc tế hoặc vận tải chính ngạch của các đơn vị uy tín. Tại PCS Logistics, chúng tôi cung cấp giải pháp thông quan hai chiều đảm bảo thông suốt, giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí và rút ngắn thời gian xử lý nhờ quy trình rà soát chứng từ trước khi truyền tờ khai.

Liên hệ PCS Logistics ngay

PCS Logistics

PCS Logistics

1900.545.428

Tư vấn hỗ trợ

3. Thủ tục và quy trình huỷ tờ khai hải quan theo từng trường hợp cụ thể

Theo quy định của pháp luật hải quan, thủ tục huỷ tờ khai hải quan được thực hiện khác nhau tuỳ theo từng trường hợp huỷ, căn cứ vào tình trạng của tờ khai, hàng hoá và lý do phát sinh việc huỷ. Quy trình này được quy định tại khoản 2 Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC.

3.1. Thủ tục thực hiện đối với người khai hải quan

Trong các trường hợp huỷ tờ khai theo quy định, người khai hải quan có trách nhiệm thực hiện các bước sau:

Bước 1: Xác định đúng trường hợp huỷ tờ khai

Người khai hải quan cần xác định rõ tờ khai thuộc trường hợp không còn giá trị làm thủ tục, huỷ do sự cố hệ thống, hay huỷ theo yêu cầu của người khai. Việc xác định đúng trường hợp là cơ sở để lựa chọn hình thức hồ sơ và cách thức nộp phù hợp.

Bước 2: Thực hiện đề nghị huỷ tờ khai trên hệ thống hoặc bằng hồ sơ giấy

• Đối với các trường hợp huỷ do sự cố hệ thống hoặc huỷ theo yêu cầu của người khai hải quan, người khai thực hiện khai thông tin đề nghị huỷ tờ khai theo Mẫu số 06 (Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC) thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và gửi đến Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai.

• Trường hợp đề nghị huỷ tờ khai hải quan giấy, người khai nộp 02 bản chính văn bản đề nghị huỷ theo Mẫu số 04/HTK/GSQL (Phụ lục V ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC) cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai.

Bước 3: Chuẩn bị hồ sơ kèm theo đối với các trường hợp đặc thù

Đối với các trường hợp huỷ tờ khai xuất khẩu khi hàng hoá đã hoàn thành thủ tục hải quan hoặc đã được đưa vào khu vực giám sát hải quan nhưng thực tế không xuất khẩu, người khai cần gửi kèm:

• Chứng từ chứng minh việc hàng hoá không thực tế xuất khẩu.

• Nội dung cam kết trong văn bản đề nghị huỷ về việc chưa thực hiện hoàn thuế hoặc chưa kê khai khấu trừ thuế đối với hàng hoá thuộc tờ khai đề nghị huỷ.

Trường hợp cơ quan hải quan hoặc cơ quan thuế kiểm tra và phát hiện người khai đã thực hiện hoàn thuế hoặc kê khai khấu trừ thuế liên quan đến tờ khai đề nghị huỷ, việc xử lý được thực hiện theo quy định của pháp luật.

3.2. Quy trình xử lý của cơ quan hải quan

Sau khi tiếp nhận đề nghị huỷ tờ khai hợp lệ, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, xác minh và xử lý theo từng trường hợp cụ thể như sau:

• Trường hợp tờ khai không còn giá trị làm thủ tục hải quan: Trong thời hạn chậm nhất 01 ngày làm việc kể từ thời điểm tờ khai được xác định là không còn giá trị, Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện kiểm tra thông tin trên hệ thống, huỷ tờ khai và thông báo kết quả cho người khai hải quan.

• Trường hợp tờ khai bị huỷ do hàng hoá bị xử lý tái xuất hoặc tiêu huỷ: Trong thời hạn chậm nhất 01 ngày làm việc kể từ ngày hàng hoá được tái xuất hoặc kể từ ngày nhận được văn bản xác nhận đã thực hiện tiêu huỷ, Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện huỷ tờ khai trên hệ thống.

• Trường hợp huỷ tờ khai theo đề nghị của người khai hải quan hoặc do sự cố hệ thống: Trong thời hạn 08 giờ làm việc kể từ khi nhận được đề nghị huỷ hợp lệ, công chức hải quan thực hiện kiểm tra lý do, điều kiện huỷ, trình Chi cục trưởng phê duyệt và thực hiện huỷ tờ khai trên hệ thống. Đồng thời, cơ quan hải quan thực hiện xử lý tiền thuế đã nộp (nếu có) theo quy định và cập nhật thông tin phục vụ công tác quản lý rủi ro.

Trường hợp cơ quan hải quan nhận được thông tin về dấu hiệu vi phạm pháp luật liên quan đến lô hàng từ các cơ quan chức năng khác, tờ khai chỉ được huỷ sau khi đã xác minh lô hàng không vi phạm hoặc đã hoàn tất việc xử lý vi phạm theo quy định.

3.3. Các xử lý nghiệp vụ liên quan sau khi huỷ tờ khai

Sau khi tờ khai được huỷ, cơ quan hải quan thực hiện các công việc nghiệp vụ liên quan nhằm bảo đảm quản lý thống nhất và chính xác, bao gồm:

• Cập nhật lại thông tin về số lượng hàng hoá đối với các loại hình tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập trên hệ thống hải quan.

• Thực hiện thông báo cho cơ quan thuế hoặc đơn vị hải quan liên quan để theo dõi và không xử lý hoàn thuế, khấu trừ thuế hoặc thu thuế đối với các tờ khai xuất khẩu đã bị huỷ theo quy định.

• Đối với tờ khai hải quan giấy, công chức hải quan thực hiện gạch chéo, ký tên, đóng dấu công chức trên tờ khai bị huỷ và lưu trữ hồ sơ theo đúng quy định.

4. Huỷ tờ khai hải quan có bị xử phạt không?

Pháp luật hải quan không quy định xử phạt riêng đối với việc hủy tờ khai, nếu việc hủy được thực hiện đúng trường hợp và đúng trình tự.

Ngược lại, doanh nghiệp có thể bị xử phạt nếu:

• Không hủy tờ khai đã hết giá trị

• Để tồn tại tờ khai không có hàng hóa thực tế

• Vi phạm nghĩa vụ khai báo và quản lý tờ khai

Có thể khẳng định: Hủy tờ khai đúng quy định không bị phạt, không hủy hoặc xử lý sai mới là yếu tố phát sinh rủi ro.

Huỷ tờ khai hải quan không bị phạt nếu làm đúng theo quy định luật pháp

5. Những câu hỏi thường gặp khi huỷ tờ khai hải quan

Khi thực hiện huỷ tờ khai hải quan, doanh nghiệp thường có nhiều thắc mắc liên quan đến điều kiện và khả năng xử lý trong từng trường hợp cụ thể. Một trong những câu hỏi phổ biến nhất là liệu tờ khai luồng xanh đã thông quan có thể huỷ được hay không.

5.1 Tờ khai luồng xanh đã thông quan có hủy được không?

Tờ khai luồng xanh đã được hệ thống thông quan tự động chỉ được xem xét huỷ trong một số trường hợp cụ thể theo quy định. Việc huỷ chỉ đặt ra khi hàng hoá chưa qua khu vực giám sát hải quan và chưa hoàn tất thủ tục đưa hàng ra khỏi cảng, kho bãi theo quy định. Trường hợp hàng hoá đã qua khu vực giám sát hoặc đã được đưa ra khỏi cảng, kho bãi, tờ khai không còn đủ điều kiện để xem xét huỷ.

5.2. Đã nộp thuế vào ngân sách nhà nước rồi thì có hủy tờ khai được không?

Việc đã nộp thuế không phải là yếu tố loại trừ khả năng huỷ tờ khai. Tờ khai vẫn có thể được xem xét huỷ nếu thuộc các trường hợp được huỷ theo quy định của pháp luật hải quan. Đối với số tiền thuế đã nộp, cơ quan hải quan sẽ thực hiện xử lý theo quy định về hoàn thuế hoặc bù trừ nghĩa vụ thuế sau khi tờ khai được huỷ, tuỳ từng tình huống cụ thể.

5.3. Hủy tờ khai quá nhiều có bị đưa vào danh sách đen (Blacklist) không?

Pháp luật hải quan không quy định danh sách đen chính thức đối với doanh nghiệp huỷ tờ khai. Tuy nhiên, lịch sử huỷ tờ khai là một trong những thông tin được cơ quan hải quan sử dụng trong công tác quản lý rủi ro và đánh giá mức độ tuân thủ của doanh nghiệp.

5.4. Có thể hủy tờ khai khi hàng hóa đang bị tạm giữ không?

Trong thời gian hàng hoá đang bị kiểm tra chuyên ngành hoặc bị tạm giữ để xác minh, tờ khai chưa đủ điều kiện để xem xét huỷ. Việc huỷ tờ khai chỉ được xem xét sau khi có kết luận chính thức của cơ quan có thẩm quyền liên quan đến lô hàng. Doanh nghiệp cần chờ kết quả xử lý chuyên ngành trước khi thực hiện các thủ tục tiếp theo đối với tờ khai.

5.5. Phí hủy tờ khai hải quan là bao nhiêu?

Hiện nay, không có phí hoặc lệ phí nhà nước đối với thủ tục huỷ tờ khai hải quan. Tuy nhiên, doanh nghiệp có thể tốn các chi phí liên quan đến việc chỉnh sửa chứng từ, phí lưu kho bãi phát sinh trong thời gian chờ đợi hủy để khai lại tờ khai mới, hoặc phí dịch vụ nếu thuê bên thứ ba thực hiện.

5.6. Ai có thẩm quyền quyết định việc hủy tờ khai hải quan?

Theo quy định tại khoản 3 Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai là người có thẩm quyền xem xét, quyết định việc huỷ tờ khai hải quan đã được đăng ký trên hệ thống hải quan.

Điều này có nghĩa là mọi đề nghị huỷ tờ khai hải quan đều được tiếp nhận, xem xét và quyết định tại Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đã đăng ký tờ khai, căn cứ vào hồ sơ, lý do huỷ và tình trạng thực tế của hàng hoá theo quy định của pháp luật hải quan.

6. Lời kết

Hủy tờ khai hải quan là thủ tục pháp lý cần được thực hiện đúng thời điểm, đúng quy định và đúng bản chất nghiệp vụ để bảo đảm tuân thủ trong hoạt động xuất nhập khẩu. Trong nhiều trường hợp, việc hủy tờ khai gắn liền với thay đổi kế hoạch vận chuyển hoặc phương thức giao nhận, đòi hỏi sự phối hợp đồng bộ giữa hồ sơ hải quan và luồng hàng hóa. PCS Logistics sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp trong việc rà soát hồ sơ và tổ chức lại phương án vận chuyển phù hợp với từng tình huống cụ thể.