Mất tờ khai hải quan là một sự cố ngoài ý muốn nhưng lại mang đến nhiều rủi ro nghiêm trọng cho các doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Tờ khai hải quan là chứng từ cốt lõi để thông quan, thanh khoản và hoàn thuế. Vậy khi rơi vào tình huống này, doanh nghiệp cần xử lý ra sao để giảm thiểu tối đa thiệt hại? Bài viết dưới đây sẽ cung cấp giải pháp chi tiết và đúng chuẩn quy định của pháp luật.
Quy định pháp luật về việc lưu trữ tờ khai hải quan
Tờ khai hải quan là chứng từ cốt lõi trong bộ hồ sơ hải quan và có giá trị pháp lý quan trọng trong quá trình quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp không chỉ có trách nhiệm khai báo trung thực mà còn phải lưu trữ hồ sơ đầy đủ trong thời hạn luật định.
Căn cứ theo Điểm đ, Khoản 2, Điều 18 Luật Hải quan năm 2014 (Số 54/2014/QH13), người khai hải quan có nghĩa vụ:
“Lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đã được thông quan trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác...”
Việc lưu trữ đầy đủ hồ sơ hải quan giúp doanh nghiệp thuận lợi hơn trong quá trình thanh kiểm tra, quyết toán thuế và xử lý các phát sinh liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu.
Mất tờ khai hải quan ảnh hưởng thế nào đến doanh nghiệp?
Tờ khai hải quan đóng vai trò quan trọng trong toàn bộ quy trình xuất nhập khẩu, là căn cứ pháp lý để cơ quan hải quan kiểm tra hàng hóa, xác định nghĩa vụ thuế và thực hiện các biện pháp quản lý nhà nước.
Khi làm mất tờ khai hải quan, doanh nghiệp có thể đối mặt với nhiều hệ quả như:
-
Gián đoạn quá trình thông quan hàng hóa
-
Khó khăn trong thủ tục thanh khoản và hoàn thuế
-
Phát sinh thời gian xử lý hồ sơ với cơ quan chức năng
-
Gia tăng rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính
Đặc biệt, đối với tờ khai giấy bản gốc dùng làm căn cứ pháp lý cho các nghiệp vụ thuế và thanh khoản, việc thất lạc có thể ảnh hưởng trực tiếp đến quyền lợi của doanh nghiệp trong quá trình quyết toán sau thông quan.
Đối với các lô hàng cần xử lý gấp, đặc biệt là chứng từ, linh kiện hoặc hàng hóa vận chuyển quốc tế theo hình thức chuyển phát nhanh, việc thất lạc hồ sơ hải quan còn có thể ảnh hưởng trực tiếp đến tiến độ giao nhận và kế hoạch vận hành của doanh nghiệp.

Mất tờ khai hải quan có thể ảnh hưởng trực tiếp đến tiến độ xử lý hồ sơ, thanh khoản và kế hoạch vận hành của doanh nghiệp.
Vì vậy, nhiều doanh nghiệp hiện nay ưu tiên sử dụng các giải pháp logistics có hỗ trợ đồng bộ về chứng từ và thủ tục hải quan nhằm hạn chế rủi ro phát sinh trong quá trình vận chuyển. Bạn đọc có thể tham khảo thêm dịch vụ Chuyển phát nhanh chuyên tuyến Nhật Bản của PCS Logistics để tìm hiểu thêm về quy trình xử lý các lô hàng cần thời gian vận chuyển nhanh giữa Việt Nam và Nhật Bản.
Hướng dẫn xử lý chi tiết khi bị mất tờ khai hải quan
Tùy thuộc vào hình thức khai báo mà doanh nghiệp đang sử dụng, quy trình xử lý khi mất tờ khai hải quan sẽ có sự khác biệt đáng kể.
Đối với tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS
Trong bối cảnh chuyển đổi số hiện nay, tờ khai điện tử giúp doanh nghiệp giảm đáng kể rủi ro thất lạc hồ sơ. Nếu doanh nghiệp làm mất bản in của tờ khai điện tử, doanh nghiệp chỉ cần đăng nhập lại hệ thống VNACCS để in lại tờ khai mà không phải thực hiện nhiều thủ tục giải trình phức tạp.
Theo Điểm a.1, Khoản 1, Điều 52 Thông tư 38/2015/TT BTC của Bộ Tài chính, đối với hàng hóa đã thông quan, người khai hải quan chỉ cần in danh sách container hoặc danh sách hàng hóa trên Cổng thông tin điện tử hải quan hoặc hệ thống khai báo của doanh nghiệp để xuất trình cho công chức hải quan giám sát.
Quy định này giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc lưu trữ dữ liệu và hạn chế đáng kể các rủi ro liên quan đến thất lạc chứng từ giấy.
Đối với tờ khai hải quan giấy bản gốc
Trường hợp doanh nghiệp làm mất tờ khai hải quan giấy dùng để thanh khoản hoặc hoàn thuế, quy trình xử lý sẽ chặt chẽ hơn và cần phối hợp trực tiếp với cơ quan hải quan.
Doanh nghiệp cần thực hiện các bước sau:
-
Thông báo ngay với Chi cục Hải quan: Doanh nghiệp cần nhanh chóng thông báo cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai để được hướng dẫn xử lý phù hợp theo từng trường hợp cụ thể.
-
Làm văn bản giải trình: Doanh nghiệp cần lập văn bản giải trình nêu rõ nguyên nhân mất tờ khai, cam kết chịu trách nhiệm và phối hợp với cơ quan hải quan trong quá trình xác minh, xử lý hồ sơ.
-
Thực hiện thủ tục sao lục hồ sơ: Doanh nghiệp cần trực tiếp làm việc với Chi cục Hải quan nơi lưu hồ sơ gốc để được hướng dẫn thủ tục sao lục tờ khai và xử lý các vấn đề hành chính phát sinh liên quan.

Chủ động thông báo, giải trình và thực hiện thủ tục sao lục hồ sơ giúp doanh nghiệp hạn chế các rủi ro pháp lý phát sinh khi mất tờ khai hải quan.
Hậu quả pháp lý khi không thể tìm lại tờ khai hải quan giấy
Trong trường hợp không thể truy tìm được tờ khai bản gốc, doanh nghiệp có thể phải đối mặt với nhiều hệ quả pháp lý nghiêm trọng.
-
Thông báo công khai trên toàn quốc: Cục Hải quan địa phương có thể thực hiện thông báo công khai thông tin về tờ khai bị mất trên các phương tiện thông tin đại chúng theo quy định hiện hành.
-
Tờ khai không còn giá trị pháp lý: Sau khi xác nhận mất tờ khai, cơ quan hải quan sẽ thông báo cho cơ quan thuế địa phương. Tờ khai đã thất lạc sẽ không còn giá trị pháp lý để thực hiện các nghiệp vụ thanh khoản hoặc hoàn thuế.
-
Bị xử phạt vi phạm hành chính: Doanh nghiệp có thể bị lập biên bản và xử phạt hành chính do không đảm bảo trách nhiệm lưu trữ hồ sơ hải quan theo quy định pháp luật.
Giải pháp phòng ngừa rủi ro mất tờ khai hải quan
Để hạn chế tối đa các rủi ro liên quan đến thất lạc hồ sơ hải quan, doanh nghiệp nên chủ động xây dựng quy trình lưu trữ và quản lý chứng từ bài bản.
Ưu tiên khai báo hải quan điện tử
Việc sử dụng hệ thống VNACCS giúp dữ liệu được lưu trữ đồng bộ trên hệ thống điện tử, hỗ trợ doanh nghiệp tra cứu và xử lý hồ sơ thuận tiện hơn.
Lưu trữ hồ sơ khoa học
Doanh nghiệp cần bảo quản chứng từ giấy tại khu vực lưu trữ phù hợp, hạn chế ẩm mốc, cháy nổ và đảm bảo thời gian lưu trữ tối thiểu 05 năm theo quy định của Luật Hải quan 2014.
Sao lưu hồ sơ nhiều lớp
Ngay sau khi hoàn tất thủ tục thông quan, doanh nghiệp nên scan hoặc photo toàn bộ hồ sơ quan trọng như:
-
Tờ khai hải quan
-
Vận đơn
-
Hóa đơn thương mại
-
Chứng nhận xuất xứ C/O
-
Các chứng từ liên quan khác
Việc lưu trữ song song bản giấy và bản điện tử sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi phát sinh sự cố ngoài ý muốn.

Xây dựng quy trình quản lý hồ sơ khoa học giúp doanh nghiệp giảm thiểu các rủi ro phát sinh liên quan đến tờ khai hải quan.
Lời kết
Mất tờ khai hải quan là tình huống pháp lý nhạy cảm có thể ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động xuất nhập khẩu, thanh khoản và hoàn thuế của doanh nghiệp. Việc chủ động nắm rõ quy định pháp luật, xây dựng quy trình lưu trữ chứng từ khoa học và ưu tiên khai báo điện tử sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu đáng kể các rủi ro phát sinh trong quá trình vận hành.
Trong bối cảnh hoạt động logistics và quy định hải quan ngày càng yêu cầu tính chính xác cao, doanh nghiệp cũng nên chủ động phối hợp với các đơn vị logistics có kinh nghiệm để được hỗ trợ xử lý hồ sơ, chứng từ và thủ tục hải quan hiệu quả hơn. Liên với PCS Logistics để được tư vấn về giải pháp vận chuyển hàng quốc tế cho doanh nghiệp:
-
Hotline: 1900.545.428
-
Email: support@pcs-logistics.com






