Trong quá trình xử lý thủ tục xuất nhập khẩu, mỗi tờ khai hải quan phát sinh đều đi kèm nghĩa vụ lệ phí tương ứng theo quy định của cơ quan hải quan. Đối với các doanh nghiệp có lượng tờ khai lớn mỗi tháng, việc hiểu rõ cách nộp lệ phí tờ khai hải quan còn giúp tối ưu quy trình vận hành và hạn chế rủi ro hành chính trong hoạt động xuất nhập khẩu. 

Lệ phí tờ khai hải quan là gì?

Lệ phí hải quan là khoản tiền bắt buộc mà các tổ chức, cá nhân phải nộp khi cơ quan hải quan tiến hành thực hiện các thủ tục hành chính liên quan đến hàng hóa hoặc phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh và quá cảnh. Đây là một khoản thu thuộc nhóm lệ phí, được đặt ra nhằm mục đích bù đắp chi phí cho các hoạt động quản lý nhà nước trong lĩnh vực hải quan.

Một điểm quan trọng doanh nghiệp cần lưu ý là lệ phí hải quan không phải là thuế. Sự khác biệt cơ bản giữa lệ phí hải quan và thuế (như thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hay thuế GTGT) bao gồm:

  • Thuế được tính toán dựa trên trị giá hoặc số lượng của hàng hóa.

  • Lệ phí hải quan được thu theo một mức cố định, căn cứ vào từng loại thủ tục hải quan cụ thể phát sinh.

Chính vì vậy, dù lô hàng của bạn có giá trị lớn hay nhỏ, khi phát sinh thủ tục thuộc diện phải thu lệ phí, doanh nghiệp vẫn có nghĩa vụ nộp một khoản tiền cố định theo quy định, ngoại trừ các trường hợp được miễn trừ.

Hiểu đúng lệ phí tờ khai hải quan để tránh nhầm lẫn khi khai báo 

Hiểu đúng lệ phí tờ khai hải quan để tránh nhầm lẫn khi khai báo 

Mức lệ phí tờ khai hải quan hiện nay là bao nhiêu?

Theo Thông tư 86/2025/TT-BTC, mức lệ phí tờ khai hải quan hiện nay được áp dụng theo cơ chế thu cố định đối với từng loại thủ tục cụ thể. Một số mức thu phổ biến bao gồm:

  • 20.000 đồng/tờ khai đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh.

  • 200.000 đồng/tờ khai đối với hàng hóa quá cảnh.

  • 200.000 đồng/phương tiện đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường bộ.

  • 500.000 đồng/phương tiện đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường thủy.

  • 200.000 đồng/đơn đối với phí kiểm tra, giám sát và tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ.

Các lô hàng được miễn đóng lệ phí hải quan

Theo Thông tư 86/2025/TT-BTC, một số trường hợp hàng hóa và phương tiện vận tải được miễn lệ phí hải quan bao gồm:

  • Hàng viện trợ, quà tặng và đồ dùng ngoại giao: Bao gồm hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho các cơ quan Nhà nước, tổ chức chính trị xã hội, cá nhân (được miễn thuế theo mức nhất định); các loại quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của các tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao và hành lý mang theo người.

  • Hàng hóa của cư dân biên giới: Các loại hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới nằm trong định mức miễn thuế theo quy định.

  • Phương tiện vận tải của cư dân biên giới: Áp dụng đối với phương tiện được quản lý theo phương thức không quản lý bằng tờ khai.

  • Miễn trừ theo điều ước quốc tế: Hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, hàng hóa xuất nhập khẩu và phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh được miễn lệ phí theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc theo các cam kết của Chính phủ Việt Nam.

Việc nắm rõ các trường hợp này sẽ giúp doanh nghiệp không bị bỏ sót quyền lợi và tránh phát sinh những chi phí không cần thiết trong quá trình thông quan.

Cách nộp lệ phí tờ khai hải quan

Để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, cơ quan hải quan hiện cho phép lựa chọn nhiều cách nộp lệ phí tờ khai hải quan khác nhau.

Nộp trực tiếp

Doanh nghiệp có thể thanh toán bằng tiền mặt trực tiếp tại:

  • Cơ quan hải quan

  • Kho bạc Nhà nước

  • Đơn vị được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu

Nộp trực tuyến

Doanh nghiệp cũng có thể thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt thông qua:

  • Hệ thống ngân hàng

  • Cổng Dịch vụ công Quốc gia

  • Chuyển khoản vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước của cơ quan hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước

Trong bối cảnh chuyển đổi số và hải quan điện tử ngày càng phổ biến, hình thức thanh toán trực tuyến đang được nhiều doanh nghiệp ưu tiên nhằm tối ưu thời gian xử lý hồ sơ và tăng tính minh bạch trong quá trình đối soát.

Các cách nộp lệ phí tờ khai hải quan doanh nghiệp cần biết 

Các cách nộp lệ phí tờ khai hải quan doanh nghiệp cần biết 

Phương án thời gian nộp lệ phí tờ khai hải quan

Hiện nay, cơ quan hải quan cho phép doanh nghiệp lựa chọn một trong hai phương án nộp lệ phí phù hợp với mô hình vận hành của mình.

Nộp theo từng lần phát sinh

Doanh nghiệp thực hiện nộp lệ phí ngay tại thời điểm đăng ký hoặc mở tờ khai hải quan. Đây được xem là phương án an toàn và phổ biến nhất vì giúp hồ sơ thông quan diễn ra nhanh chóng, hạn chế rủi ro phát sinh do thiếu sót nghĩa vụ tài chính.

Nộp tổng hợp theo tháng

Phương án này phù hợp với các doanh nghiệp có tần suất mở nhiều tờ khai trong tháng. Để áp dụng hình thức này, doanh nghiệp cần:

  • Làm công văn đề xuất nộp lệ phí theo tháng

  • Gửi đến bộ phận văn thư của cơ quan hải quan quản lý

Sau khi nhận thông báo danh sách tờ khai cần nộp phí từ cơ quan hải quan, doanh nghiệp phải hoàn tất thanh toán chậm nhất vào ngày mùng 10 của tháng tiếp theo.

Dù lựa chọn phương án nào, doanh nghiệp cũng cần đảm bảo thanh toán đúng hạn nhằm tránh phát sinh vi phạm hành chính hoặc các khoản truy thu liên quan.

Cách nộp lệ phí tờ khai hải quan theo từng phương án thanh toán

Cách nộp lệ phí tờ khai hải quan theo từng phương án thanh toán

Mức phạt khi chậm nộp lệ phí tờ khai hải quan

Theo Điều 17 Nghị định 02/2026/NĐ CP, hành vi chậm nộp lệ phí tờ khai hải quan có thể bị xử phạt vi phạm hành chính và áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả tương ứng.

Phạt cảnh cáo

Áp dụng đối với trường hợp vi phạm nghĩa vụ nộp lệ phí không kịp thời nhưng không dẫn đến việc thiếu hụt số tiền lệ phí phải nộp.

Phạt tiền

Trường hợp chậm nộp dẫn đến thiếu hụt số tiền lệ phí phải nộp, mức phạt sẽ được áp dụng theo từng ngưỡng giá trị vi phạm, có thể lên đến 50.000.000 đồng đối với cá nhân và 100.000.000 đồng đối với doanh nghiệp vi phạm nghiêm trọng.

Ngoài các khoản xử phạt hành chính, doanh nghiệp còn phải:

  • Nộp đủ số tiền lệ phí còn thiếu

  • Nộp thêm tiền chậm nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế

Doanh nghiệp cũng nên thường xuyên cập nhật các quy định mới liên quan đến lệ phí hải quan và xử phạt vi phạm hành chính nhằm hạn chế rủi ro trong quá trình xuất nhập khẩu. Bạn có thể tham khảo thêm bài viết cập nhật quy định mới về nộp lệ phí hải quan theo Nghị định 02/2026/NĐ CP để hiểu rõ hơn về các thay đổi quan trọng doanh nghiệp cần lưu ý. 

Lời kết

Dù giá trị lệ phí trên từng tờ khai không quá lớn, việc quản lý và biết cách nộp lệ phí tờ khai hải quan đúng quy định vẫn đóng vai trò quan trọng trong toàn bộ quá trình thông quan của doanh nghiệp. Chủ động theo dõi thời hạn nộp phí, lưu trữ hồ sơ đầy đủ và lựa chọn phương án thanh toán phù hợp sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế phát sinh không cần thiết trong quá trình thông quan.

Nếu doanh nghiệp cần hỗ trợ về thủ tục hải quan hoặc giải pháp vận chuyển quốc tế phù hợp với mô hình vận hành thực tế, liên hệ ngay với PCS Logistics theo các phương thức sau:

  • Hotline: 1900.545.428

  • Email: support@pcs-logistics.com